Misalnya adalah ketika memahami hasil dari perhitungan Neptu sebagai "kepastian" yang akan terjadi, maka hal tersebut sudah menyalahi aqidah. Ini yang seharusnya disoroti oleh para "penjaga aqidah", bukannya malah menyalahkan perhitungan Neptu itu sendiri.
Toh tanpa perhitungan Neptu, masih banyak celah untuk terpelesetnya aqidah. Tetapi karena mereka terlalu malas untuk selalu memerangi terpelesetnya aqidah, maka jalan pintasnya adalah mereka melarang menggunakan perhitungan Neptu. Ada benarnya juga karena tidak semua masyarakat cukup dewasa untuk menerima hasil perhitungan tersebut.

Dalam konteks ini, jika diketahui calon A bersifat pemarah, dan calon B juga pemarah, maka dapat diwanti-wanti untuk berhati-hati saat sedang marah. Dan banyak sifat lain yang dapat diuraikan melalui perhitungan Neptu sebagai bahan referensi terhadap perbandingan sifat. Bukan sebagai kepastian pemilihan jodoh!

Permasalahan lain adalah ketika ada kepentingan tersembunyi di balik hasil perhitungan Neptu. Misalnya ketika ada ketidakcocokan perhitungan Neptu, maka diberikan jalan keluar berupa "selamatan" atau ritual tertentu yang memakan biaya.
Tidak bermaksud mengecilkan arti selamatan, karena pada dasarnya ritual itu sendiri juga baik, namun dalam kasus seperti ini sering disalahgunakan oleh "oknum" tertentu untuk mendapatkan keuntungan materi.
Sehingga ketika pasangan calon pengantin bersama pihak keluarga "berkonsultasi" tentang perhitungan Neptu, maka cenderung diarahkan untuk membuat selamatan. Tentu tidak semua ahli konsultasi bertindak seperti itu, namun ada kalanya muncul juga yang begitu.

Yang lebih parah adalah, ketika Neptu dijadikan "pintu keluar" oleh pihak keluarga yang sebenarnya tidak cocok dengan calon menantunya. Daripada terus terang menolak yang akan menyebabkan masalah, maka disiasati dengan ketidakcocokan Neptu ini.
Seringkali dari pengamatan, jika di awal proses sudah terlanjur dipermasalahkan masalah Neptu, seandainya kedua pasangan nekat melawannya, belakangan akan tetap bermasalah (bahkan sampai pisah). Bukan karena Neptu, tapi karena ada pihak ketiga yang masuk, namun beralasan masalahnya ada pada ketidakcocokan Neptu. Dan yang menyaksikan akan mengatakan "nah, apa aku bilang".

Di sini dapat dilihat kompleksitas yang muncul karena salah paham tentang Neptu. Jika sudah dipermasalahkan di awal, maka di benak masing-masing pihak akan tertanam tentang adanya "ancaman" yang diberikan saat perhitungan Neptu. Jika suatu saat timbul masalah, meskipun bukan karena Neptu, tetapi tetap Neptu yang dijadikan kambing hitam. Bahkan seandainya salah satu pasangan selingkuh sekalipun, yang disalahkan adalah Neptunya. Maka bahaya dari salah pemahaman tentang Neptu, jauh lebih berbahaya daripada hasil perhitungan Neptu itu sendiri.

Dari berbagai kasus yang melahirkan masalah tersebut, banyak yang menyarankan untuk tidak usah menggunakan perhitungan Neptu sama sekali. Saran ini sangat bagus, tetapi dengan catatan bahwa yang disalahkan adalah implementasi hasil perhitungan Neptu, bukan Neptu itu sendiri. Lha wong Neptu hanya informasi, bukan kepastian.

Kembali ke fungsi Neptu sebagai ancar-ancar, banyak pula yang memanfaatkannya untuk urusan bisnis dan perjalanan. Sebenarnya tidak ada hal klenik di sini, jika dilihat secara obyektif dan sederhana.

Dalam contoh umum, misalnya ketika ada informasi bahwa ini hari Minggu, jangan jualan di sekitar sekolahan. Ya tentu saja benar, karena hari Minggu tidak ada yang melintas di area situ. Tidak klenik, tidak menyalahi aqidah. Kalaupun tetap mau jualan di situ pada hari Minggu ya silakan saja, siapa tau ternyata ada acara karnaval di sekolahan sehingga tidak merugi.

Sama halnya dengan Neptu yang mengatakan bahwa hari ini lebih baik tidak melakukan perjalanan jauh. Bukan berarti memastikan akan ada hal buruk yang terjadi jika tetap nekat pergi, tetapi itu hanya bersifat informasi saja. Seandai tetap melakukan perjalanan, ya bukan Neptu itu yang menentukan kejadian di perjalanan nanti, tetapi kehendak Yang Maha Kuasa.

Sesederhana itu, seandainya mau memandang permasalahan ini dengan bijak.

Namun karena kurangnya informasi tentang Neptu, banyak kesalahpahaman bahwa Neptu selalu melulu untuk perjodohan, dan yang menguasai bidang itu layak dipanggil "mbah", dan lain sebagainya.

Padahal ilmu tentang perhitungan Neptu sangat menarik untuk dipelajari, karena unik dan merupakan warisan dari leluhur masyarakat kita (Jawa), yang sangat detail dalam perhitungan pranatamangsa. Bukan hanya tahunan seperti Shio, bukan hanya bulanan seperti Zodiak, tetapi Neptu memiliki jangkauan harian, bahkan bagi yang menguasai akan sanggup menata sampai hitungan jam.

Jika bukan masyarakat Jawa yang menjaga warisan ini, lalu siapa lagi?